第294章 下一步實驗目標
「第一條線，年前那個耐鹽鹼水稻的課題，核心論文發了，但後續還有一些收尾工作。中科院遺傳所那邊已經拿到了第一批秈稻的轉化材料，我們需要配合他們做幾組功能驗證。這部分工作量不大，但數據質量要保證。李鑫，這一塊還是你負責，有問題嗎？」
顧明教授將目光望向了旁邊的李鑫。
「沒問題。」李鑫回答得很乾脆。
「第二條線，我跟趙陽討論之後，決定開一個新方向。」
顧明翻開筆記本的另一頁。
「這次不搞簡單的功能驗證了，我們試著把組學分析和網絡建模引入進來。就是利用我們已有的轉錄組數據，構建水稻耐鹽性相關的共表達基因調控網絡，找到核心調控模塊，然後對這些模塊進行生物學功能驗證。」
他說完看了趙陽一眼。趙陽站起來走到白板前，拿起馬克筆在上面畫了一個簡單的調控網絡邏輯圖。
他先從技術角度解釋了一下怎麼用加權基因共表達網絡分析來篩選候選調控模塊，然後把這些模塊映射到已經驗證過的幾個關鍵轉錄因子上，最後在NAC家族轉錄因子的位置上圈了一下，說這可能是整個調控網絡里的一個核心樞紐節點。
李鑫看完舉手問了個問題：「這個網絡的可靠性怎麼驗證？光靠統計模型算出來的相關性，在生物學上不一定有意義。」
「對。」
趙陽在節點和連線之間又畫了幾條虛線。
「所以網絡只是第一步，給我們一個縮小範圍的方向。篩選出候選模塊之後，還是要回到實驗台上來做功能驗證。這次可以嘗試用基因沉默和過表達兩種手段同時驗證。如果某個模塊的核心基因被沉默之後耐鹽性明顯下降，或者過表達之後耐鹽性提升，就能確認它在調控網絡中的地位。」
李鑫若有所思地點了點頭。旁邊幾個研二的學生也紛紛在筆記本上記了幾筆。顧明看大家對這個課題都有興趣，便開始分配具體任務。
「網絡構建和分析這部分，由趙陽來主導。顧青輔助，主要負責數據清洗和可視化。功能驗證部分，李鑫你的經驗比較豐富，帶兩個師弟師妹來做。引物設計和載體構建這塊，周婷負責。每個小組每周至少給我匯報一次進展，具體時間你們自己商量定。」
組會結束後，大家三三兩兩散開，各自回實驗台準備新學期的工作。趙陽把白板上畫的那幾個草圖拍了下來，存進手機里，準備回去之後整理成一份更完整的實驗方案發給組裡。
他現在主要精力還是放在生物實驗上。P vs NP問題那邊的進展幾乎為零，他之前花了兩周時間高強度推演，換了幾個切入角度，都沒找到能突破的方向。
後來他又抽空看了其他幾個千禧年問題的相關文獻，楊-米爾斯存在性與質量間隙、黎曼猜想、納維-斯托克斯方程的存在性與光滑性，全都過了一遍。看完之後的結論很簡單：難度和P vs NP問題差不多，甚至更難。換問題沒有意義。
那就不換了。趙陽的想法很直接，先把生物學提升到LV5，智力再往上漲一截，然後再回過頭來啃P vs NP這塊硬骨頭。如果生物學升級之後還是不夠，那就再把語言學也拉上去。一級一級升，總有一個節點會讓大腦的算力突破某個臨界點。磨刀不誤砍柴工，他在這上面一點都不著急。
「在想什麼呢？」
顧青不知道什麼時候走到了趙陽的實驗台旁邊。她手裡拿著一份剛列印出來的引物合成清單，應該是剛從周婷那邊拿過來的。
「在想實驗的事。」趙陽把白板照片關掉，轉過身來。
「新課題的網絡分析部分，你打算用什麼軟體做？還是自己寫腳本？」
「自己寫吧。現成的WGCNA包有些參數不能調，用起來不夠靈活。我周末先把數據清洗的腳本寫出來，到時候發你一份，你看看可視化那邊用什麼工具比較方便。」
顧青點了點頭。她在趙陽旁邊的椅子上坐下來，把那份引物清單放在桌上。
「晚上一起吃飯？好久沒出去吃了。」
趙陽看了她一眼。顧青說這話的時候語氣很自然，不像以前約他時那種小心翼翼的試探。從去年年底看完那場電影、在公寓門口確認關係之後，顧青整個人放鬆了不少。以前約趙陽吃飯，她會提前好幾天發消息，措辭反覆斟酌，見面的時候還會有一點緊張。現在完全不一樣了。
「行。吃什麼？」
「南門外面那家燒烤。就我們第一次出去吃飯的地方。」
下午的實驗結束得比平時早一些。趙陽把最後一批樣品放進冰箱，脫了白大褂，跟顧青一起出了實驗樓。三月的燕京晚上還有點涼，顧青把手揣在風衣口袋裡，兩個人沿著學校南門外面那條巷子往裡走。
燒烤攤的位置沒變，還是那個簡陋的彩條布棚子，門口擺著幾套塑料桌椅，炭火爐子上騰起來的煙被風吹得歪歪扭扭的。
顧青找了個靠邊的位置坐下，趙陽去冰櫃前挑了十幾串牛肉、幾串雞翅、一份烤茄子和兩份烤饅頭片。
東西上得很快。趙陽倒了兩杯茶，顧青拿起來喝了一口，然後就開始說話。她說起這大半年來實驗室里發生的事情，說到李鑫第一次獨立跑量PCR的時候把引物順序搞反了，跑出來的膠圖跟畢卡索的畫一樣抽象，顧明在組會上盯著那張膠圖看了半天，最後只問了一句「你這是跑膠還是搞藝術」。
說到這個顧青笑了一下。她又說起暑假的時候顧明讓她嘗試帶一個剛進實驗室的本科生入門，結果那個本科生第一次用移液槍就把槍頭直接崩進了離心管里。她手把手教了兩周，最後還是放棄讓他碰任何儀器，只讓他幫忙配培養基。
趙陽聽著，也說了幾句自己這段時間在做的事。兩個人就這麼邊吃邊聊，炭火在腳邊燒得噼里啪啦響，烤肉的油滴到炭上騰起一小股白煙，被風吹散了。
顧明教授將目光望向了旁邊的李鑫。
「沒問題。」李鑫回答得很乾脆。
「第二條線，我跟趙陽討論之後，決定開一個新方向。」
顧明翻開筆記本的另一頁。
「這次不搞簡單的功能驗證了，我們試著把組學分析和網絡建模引入進來。就是利用我們已有的轉錄組數據，構建水稻耐鹽性相關的共表達基因調控網絡，找到核心調控模塊，然後對這些模塊進行生物學功能驗證。」
他說完看了趙陽一眼。趙陽站起來走到白板前，拿起馬克筆在上面畫了一個簡單的調控網絡邏輯圖。
他先從技術角度解釋了一下怎麼用加權基因共表達網絡分析來篩選候選調控模塊，然後把這些模塊映射到已經驗證過的幾個關鍵轉錄因子上，最後在NAC家族轉錄因子的位置上圈了一下，說這可能是整個調控網絡里的一個核心樞紐節點。
李鑫看完舉手問了個問題：「這個網絡的可靠性怎麼驗證？光靠統計模型算出來的相關性，在生物學上不一定有意義。」
「對。」
趙陽在節點和連線之間又畫了幾條虛線。
「所以網絡只是第一步，給我們一個縮小範圍的方向。篩選出候選模塊之後，還是要回到實驗台上來做功能驗證。這次可以嘗試用基因沉默和過表達兩種手段同時驗證。如果某個模塊的核心基因被沉默之後耐鹽性明顯下降，或者過表達之後耐鹽性提升，就能確認它在調控網絡中的地位。」
李鑫若有所思地點了點頭。旁邊幾個研二的學生也紛紛在筆記本上記了幾筆。顧明看大家對這個課題都有興趣，便開始分配具體任務。
「網絡構建和分析這部分，由趙陽來主導。顧青輔助，主要負責數據清洗和可視化。功能驗證部分，李鑫你的經驗比較豐富，帶兩個師弟師妹來做。引物設計和載體構建這塊，周婷負責。每個小組每周至少給我匯報一次進展，具體時間你們自己商量定。」
組會結束後，大家三三兩兩散開，各自回實驗台準備新學期的工作。趙陽把白板上畫的那幾個草圖拍了下來，存進手機里，準備回去之後整理成一份更完整的實驗方案發給組裡。
他現在主要精力還是放在生物實驗上。P vs NP問題那邊的進展幾乎為零，他之前花了兩周時間高強度推演，換了幾個切入角度，都沒找到能突破的方向。
後來他又抽空看了其他幾個千禧年問題的相關文獻，楊-米爾斯存在性與質量間隙、黎曼猜想、納維-斯托克斯方程的存在性與光滑性，全都過了一遍。看完之後的結論很簡單：難度和P vs NP問題差不多，甚至更難。換問題沒有意義。
那就不換了。趙陽的想法很直接，先把生物學提升到LV5，智力再往上漲一截，然後再回過頭來啃P vs NP這塊硬骨頭。如果生物學升級之後還是不夠，那就再把語言學也拉上去。一級一級升，總有一個節點會讓大腦的算力突破某個臨界點。磨刀不誤砍柴工，他在這上面一點都不著急。
「在想什麼呢？」
顧青不知道什麼時候走到了趙陽的實驗台旁邊。她手裡拿著一份剛列印出來的引物合成清單，應該是剛從周婷那邊拿過來的。
「在想實驗的事。」趙陽把白板照片關掉，轉過身來。
「新課題的網絡分析部分，你打算用什麼軟體做？還是自己寫腳本？」
「自己寫吧。現成的WGCNA包有些參數不能調，用起來不夠靈活。我周末先把數據清洗的腳本寫出來，到時候發你一份，你看看可視化那邊用什麼工具比較方便。」
顧青點了點頭。她在趙陽旁邊的椅子上坐下來，把那份引物清單放在桌上。
「晚上一起吃飯？好久沒出去吃了。」
趙陽看了她一眼。顧青說這話的時候語氣很自然，不像以前約他時那種小心翼翼的試探。從去年年底看完那場電影、在公寓門口確認關係之後，顧青整個人放鬆了不少。以前約趙陽吃飯，她會提前好幾天發消息，措辭反覆斟酌，見面的時候還會有一點緊張。現在完全不一樣了。
「行。吃什麼？」
「南門外面那家燒烤。就我們第一次出去吃飯的地方。」
下午的實驗結束得比平時早一些。趙陽把最後一批樣品放進冰箱，脫了白大褂，跟顧青一起出了實驗樓。三月的燕京晚上還有點涼，顧青把手揣在風衣口袋裡，兩個人沿著學校南門外面那條巷子往裡走。
燒烤攤的位置沒變，還是那個簡陋的彩條布棚子，門口擺著幾套塑料桌椅，炭火爐子上騰起來的煙被風吹得歪歪扭扭的。
顧青找了個靠邊的位置坐下，趙陽去冰櫃前挑了十幾串牛肉、幾串雞翅、一份烤茄子和兩份烤饅頭片。
東西上得很快。趙陽倒了兩杯茶，顧青拿起來喝了一口，然後就開始說話。她說起這大半年來實驗室里發生的事情，說到李鑫第一次獨立跑量PCR的時候把引物順序搞反了，跑出來的膠圖跟畢卡索的畫一樣抽象，顧明在組會上盯著那張膠圖看了半天，最後只問了一句「你這是跑膠還是搞藝術」。
說到這個顧青笑了一下。她又說起暑假的時候顧明讓她嘗試帶一個剛進實驗室的本科生入門，結果那個本科生第一次用移液槍就把槍頭直接崩進了離心管里。她手把手教了兩周，最後還是放棄讓他碰任何儀器，只讓他幫忙配培養基。
趙陽聽著，也說了幾句自己這段時間在做的事。兩個人就這麼邊吃邊聊，炭火在腳邊燒得噼里啪啦響，烤肉的油滴到炭上騰起一小股白煙，被風吹散了。