第212章 臥槽， 趙神來了！
面對學長們的打趣，趙陽面帶微笑。
「怎麼會，我對生物可從來都沒放棄的打算。」
趙陽看著眼前這些熟人笑著說到。
「別站著了，坐吧。我給你倒杯水。」
顧青走到飲水機旁，拿了一個一次性紙杯給趙陽接了一杯溫水，遞給他。
「謝謝。」趙陽接過水杯。
就在幾人閒聊的時候，實驗室里側的辦公室門推開了。
顧明教授拿著一沓列印出來的文獻，正低頭看著，一邊走出來一邊說道：「顧青，上周提的那個RNA樣本的濃度是不是不太對，測序公司那邊反饋說建庫失敗了……」
話說到一半，顧明教授抬起頭，一眼就看到了站在實驗室中間的趙陽。
顧明教授的腳步一頓，拿著文獻的手停在半空，臉上先是一愣，接著面上露出笑容。
「趙陽！你小子怎麼來了？」
顧明教授快步走過來，欣喜的看著趙陽說道。
「這段時間在網上可是天天看你的新聞啊，又是解決孿生素數猜想，又是發nips，然後最近還被mit邀請當訪問學者，你的新聞真是一刻不停啊！學術明星了現在！」
顧明教授開了個玩笑，語氣里充滿了對趙陽的欣賞。
絕大部分的教授，對於手底下的天才學生，都會欣賞。
趙陽也笑了笑：「顧教授您言重了。我再是學術明星，也是您實驗室的實習生不是嘛！你看，我這不就回實驗室來報到了嗎。」
「回實驗室報到？」
顧明教授愣了一下，他眼神之中帶著不敢相信朝著趙陽確認道，「大家這段時間私底下都聊，說你以後肯定去搞純數學或者去矽谷搞人工智慧了。怎麼，你還打算繼續搞生物？」
在顧明看來，趙陽在數學和計算機領域展現出的天賦，隨便在哪一條道上走下去，都是前途無量的。
相比之下，生物學現在的研究太苦、太枯燥，而且很難像數學那樣靠個人天賦一錘定音，往往需要漫長的實驗周期去熬結果。
更關鍵的是，很多時候，生物實驗並不全靠個人天賦，有時候還要一定的運氣，有時候要的還是一些頂尖的實驗器械。
反正顧明是想不明白，趙陽為什麼還要回來搞生物。
這不是浪費自己的天賦嗎？
看著顧明和周圍這些人不解的眼神成。
趙陽笑了笑說到。
「怎麼會不搞生物。」
「生物學是探究生命本質的學科。我之前就跟您說過，我對這方面很感興趣。」
他看著顧明教授，直接切入正題：「顧教授，我這次回來，是想繼續在您的實驗室里待著。如果有什麼新的課題或者實驗項目，我們一起搞。」
顧明教授聽到這話，自然是欣喜萬分，毫不猶豫地答應下來。
「求之不得啊！你這腦子要是能繼續放在咱們課題組裡，那絕對是大殺器。」
顧明教授大笑起來，隨後招了招手，「既然你打算回來，那正好，咱們去會議室。我正因為最近的一個項目頭疼呢，咱們開個短暫的組會，順便給你同步一下進度。」
顧青和另外兩個學長也放下手裡的活，跟著一起走進了旁邊的小會議室。
大家圍坐在會議桌旁，顧青坐在趙陽的斜對面，拿出了工作筆記。
顧明教授將手裡的文獻放在桌上，表情變得嚴謹起來，進入了工作狀態。
「趙陽，既然你回來了，我也就不藏著掖著了。咱們實驗室最近接了一個國家自然科學基金的面上項目。」
顧明教授打開會議室的投影儀，連接上自己的筆記本電腦。
幕布上出現了一張複雜的基因表達調控網絡圖。
「這個項目是關於某種特定農作物在重度乾旱脅迫下的耐旱機制研究。」
顧明教授指著圖上的節點說道。
「我們前期的思路很明確。通過提取乾旱處理組和正常對照組的作物葉片RNA，進行高通量的轉錄組測序（RNA-seq）。試圖找出那些在乾旱條件下顯著上調錶達的耐旱關鍵基因。」
「目前的難點在哪裡？」趙陽看著幕布上的圖，直接問道。
既然是測序，那就有現成的數據。有了數據，對於他來說就好辦。
顧明教授嘆了口氣，有些無奈地說道：「難點在於數據量太大，而且噪音極其嚴重。」
「測序公司把數據發回來了，足足有幾個TB的原始測序序列（Reads）。我們雖然也懂一些基礎的生物信息學分析，會用現成的商業軟體去比對參考基因組，計算表達量。但是……」
顧明教授敲了敲桌子：「但是我們發現，這次測序得到的數據里，存在大量的假陽性差異表達基因。因為這種作物本身的基因組非常龐大且複雜，含有大量的重複序列。
常規的軟體比對下來，找出了幾萬個差異基因，根本沒辦法進行下游的驗證實驗。我們不知道到底哪個才是真正起核心調控作用的主開關基因。」
旁邊戴眼鏡的學長也苦著臉補充道：「是啊趙神。我們這一個多禮拜，天天盯著那些火山圖和熱圖看，眼睛都快瞎了。找出來的幾個候選基因，做實時螢光定量PCR驗證的時候，全都不符合預期。現在整個項目卡在數據分析這一步，沒法往下推了。」
趙陽聽完，大概思索了一下。
很快，他就大概明白了顧明教授他們的困境。
生物學家擅長設計實驗、提取樣本和操作驗證，但面對海量的高維度測序數據時，如果僅僅依賴市面上那些打包好的商業軟體或者開源的流程腳本，很容易陷入數據的泥潭。
因為那些現成的軟體都是基於通用的統計模型，無法針對特定的複雜基因組進行算法上的底層優化。
「所以，你們現在需要一種更精確的算法，從這幾萬個假陽性的噪音中，把真正具有生物學意義的核心節點給挖出來，對嗎？」
趙陽看著顧明教授問道。
「沒錯。」
顧明教授點了點頭。
「但咱們實驗室沒有專業的生信分析大牛。原本指望這幾個研究生慢慢篩，但進度實在太慢了。」
「怎麼會，我對生物可從來都沒放棄的打算。」
趙陽看著眼前這些熟人笑著說到。
「別站著了，坐吧。我給你倒杯水。」
顧青走到飲水機旁，拿了一個一次性紙杯給趙陽接了一杯溫水，遞給他。
「謝謝。」趙陽接過水杯。
就在幾人閒聊的時候，實驗室里側的辦公室門推開了。
顧明教授拿著一沓列印出來的文獻，正低頭看著，一邊走出來一邊說道：「顧青，上周提的那個RNA樣本的濃度是不是不太對，測序公司那邊反饋說建庫失敗了……」
話說到一半，顧明教授抬起頭，一眼就看到了站在實驗室中間的趙陽。
顧明教授的腳步一頓，拿著文獻的手停在半空，臉上先是一愣，接著面上露出笑容。
「趙陽！你小子怎麼來了？」
顧明教授快步走過來，欣喜的看著趙陽說道。
「這段時間在網上可是天天看你的新聞啊，又是解決孿生素數猜想，又是發nips，然後最近還被mit邀請當訪問學者，你的新聞真是一刻不停啊！學術明星了現在！」
顧明教授開了個玩笑，語氣里充滿了對趙陽的欣賞。
絕大部分的教授，對於手底下的天才學生，都會欣賞。
趙陽也笑了笑：「顧教授您言重了。我再是學術明星，也是您實驗室的實習生不是嘛！你看，我這不就回實驗室來報到了嗎。」
「回實驗室報到？」
顧明教授愣了一下，他眼神之中帶著不敢相信朝著趙陽確認道，「大家這段時間私底下都聊，說你以後肯定去搞純數學或者去矽谷搞人工智慧了。怎麼，你還打算繼續搞生物？」
在顧明看來，趙陽在數學和計算機領域展現出的天賦，隨便在哪一條道上走下去，都是前途無量的。
相比之下，生物學現在的研究太苦、太枯燥，而且很難像數學那樣靠個人天賦一錘定音，往往需要漫長的實驗周期去熬結果。
更關鍵的是，很多時候，生物實驗並不全靠個人天賦，有時候還要一定的運氣，有時候要的還是一些頂尖的實驗器械。
反正顧明是想不明白，趙陽為什麼還要回來搞生物。
這不是浪費自己的天賦嗎？
看著顧明和周圍這些人不解的眼神成。
趙陽笑了笑說到。
「怎麼會不搞生物。」
「生物學是探究生命本質的學科。我之前就跟您說過，我對這方面很感興趣。」
他看著顧明教授，直接切入正題：「顧教授，我這次回來，是想繼續在您的實驗室里待著。如果有什麼新的課題或者實驗項目，我們一起搞。」
顧明教授聽到這話，自然是欣喜萬分，毫不猶豫地答應下來。
「求之不得啊！你這腦子要是能繼續放在咱們課題組裡，那絕對是大殺器。」
顧明教授大笑起來，隨後招了招手，「既然你打算回來，那正好，咱們去會議室。我正因為最近的一個項目頭疼呢，咱們開個短暫的組會，順便給你同步一下進度。」
顧青和另外兩個學長也放下手裡的活，跟著一起走進了旁邊的小會議室。
大家圍坐在會議桌旁，顧青坐在趙陽的斜對面，拿出了工作筆記。
顧明教授將手裡的文獻放在桌上，表情變得嚴謹起來，進入了工作狀態。
「趙陽，既然你回來了，我也就不藏著掖著了。咱們實驗室最近接了一個國家自然科學基金的面上項目。」
顧明教授打開會議室的投影儀，連接上自己的筆記本電腦。
幕布上出現了一張複雜的基因表達調控網絡圖。
「這個項目是關於某種特定農作物在重度乾旱脅迫下的耐旱機制研究。」
顧明教授指著圖上的節點說道。
「我們前期的思路很明確。通過提取乾旱處理組和正常對照組的作物葉片RNA，進行高通量的轉錄組測序（RNA-seq）。試圖找出那些在乾旱條件下顯著上調錶達的耐旱關鍵基因。」
「目前的難點在哪裡？」趙陽看著幕布上的圖，直接問道。
既然是測序，那就有現成的數據。有了數據，對於他來說就好辦。
顧明教授嘆了口氣，有些無奈地說道：「難點在於數據量太大，而且噪音極其嚴重。」
「測序公司把數據發回來了，足足有幾個TB的原始測序序列（Reads）。我們雖然也懂一些基礎的生物信息學分析，會用現成的商業軟體去比對參考基因組，計算表達量。但是……」
顧明教授敲了敲桌子：「但是我們發現，這次測序得到的數據里，存在大量的假陽性差異表達基因。因為這種作物本身的基因組非常龐大且複雜，含有大量的重複序列。
常規的軟體比對下來，找出了幾萬個差異基因，根本沒辦法進行下游的驗證實驗。我們不知道到底哪個才是真正起核心調控作用的主開關基因。」
旁邊戴眼鏡的學長也苦著臉補充道：「是啊趙神。我們這一個多禮拜，天天盯著那些火山圖和熱圖看，眼睛都快瞎了。找出來的幾個候選基因，做實時螢光定量PCR驗證的時候，全都不符合預期。現在整個項目卡在數據分析這一步，沒法往下推了。」
趙陽聽完，大概思索了一下。
很快，他就大概明白了顧明教授他們的困境。
生物學家擅長設計實驗、提取樣本和操作驗證，但面對海量的高維度測序數據時，如果僅僅依賴市面上那些打包好的商業軟體或者開源的流程腳本，很容易陷入數據的泥潭。
因為那些現成的軟體都是基於通用的統計模型，無法針對特定的複雜基因組進行算法上的底層優化。
「所以，你們現在需要一種更精確的算法，從這幾萬個假陽性的噪音中，把真正具有生物學意義的核心節點給挖出來，對嗎？」
趙陽看著顧明教授問道。
「沒錯。」
顧明教授點了點頭。
「但咱們實驗室沒有專業的生信分析大牛。原本指望這幾個研究生慢慢篩，但進度實在太慢了。」